阴茎畸形的先天性情况比较少见，但是是如果不加以治疗的话，就会影响到以后的生育能力及性功能，因此在发现之日起应该及早治疗，阴茎畸形的种类常有以下几种。
阴茎发育不良
这种先天异常极为少见，此病可伴发其他泌尿生殖器官的异常和肠道下部异常。阴茎发育不良是由于外生殖器胚胎发育中的障碍所造成的，目前尚无满意的药物或手术治疗能使其阴茎具备完善的功能。因此，应果断地将性别确定为女性，并用手术切除患儿的睾丸，做人工阴道成形术，于青春期开始应用雌激素治疗，以促进形成女性心理和习惯，以及第二性征发育。
阴囊后阴茎
其表现开始时和阴茎发育不良十分相似，此情况较为少见。
双阴茎
双阴茎也是一种少见的异常，估计每出生550万人中仅出现1例双阴茎患儿。典型的患者仅有一个阴茎有功能，并有尿道，因此只有在弄清尿道开口以后，才可做适当的外科手术矫治。
尿道下裂
这种先天异常较常见，大约每125～350个男婴中出现1例。值得庆幸的是，大多数情况下，异常是较轻的，仅有少数可能伴有阴茎腹侧弯曲、阴茎扭转或位置偏斜。其原因与胎儿睾丸的雄激素分泌延迟出现或分泌不足，靶器官对雄激素作用不敏感，以及胎儿性发育过程中应用了黄体酮类药物或雌激素等有关。目前有证据表明，严重尿道下裂病人体内的睾丸酮相对缺乏并可持续到成年期。如果对中度或重度尿道下裂不予治疗的话，则病人的性功能和性行为均可受到影响。
尿道上裂
尿道上裂较为罕见，约每3万名男性中可发现一例。特征是尿道上壁缺如，即尿道开放于阴茎的背侧表面，可以单纯发生，也可以并发其他畸形。轻者仅在阴茎头部分裂呈沟状，阴茎较短，阴茎头扁平，包皮在背侧分离，为阴茎头型。若沟状尿道自阴茎背侧根部至阴茎顶端，则为阴茎型。严重者可同时有耻骨分离，膀胱括约肌异常，出现尿失禁，常发生性交困难或根本无法性交，因而丧失生殖功能。手术治疗最好在3岁左右进行，如果需要同时纠正尿失禁、尿道位置异常及影响性交的阴茎弯曲，则手术较复杂。
发现阴茎畸形的情况还是较为少见的，对于先天性的情况，越早发现越好，及时进行治疗，是可以治愈的。另外，进行生殖整形的患者应该注意术后保养。
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