二者的脱毛原理一样，都是利用毛囊中的黑色素吸收光能后转化成热能从而破坏毛囊达到脱毛的目的。两者不同点是激光脱毛利用的是波长不等的激光，而光子脱毛使用的是一种不同于激光的强脉冲光。
至于大家关心的究竟是光子脱毛效果好还是效果好的问题，现在还没有定论。
从理论上讲，强脉冲光增加了毛囊以外组织对光线的吸收，因此也增加了不良反应。确实有很多报道认为光子脱毛的疗效不如激光脱毛。但也有医生通过实践总结出光子脱毛的效果好于激光脱毛。
一般说来，较粗而较黑的毛发（如腋毛和男性的胡须、体毛等）激光治疗的效果好；而对较细的（如部分女性的细唇毛）和浅色的毛发较差，对于细而浅色的毛发如联合应用激光和强脉冲光可提高疗效。