色素痣的处理是一个复杂的问题，目前常用的治疗方法有手术切除法、化学药物腐蚀法、激光治疗以及液氮冷冻疗法。
1，手术切除法
一般情况不需要及早切除，只有当色素痣有恶变趋势时才应动用手术的方法及早切除。
2，化学药物腐蚀疗法
使用的药物一般都是三氯乙酸加达克罗宁，为无痛液，使用方法就是让患者采取坐位或者卧位，先用乙醇清洁患处，然后根据不同色素痣的大小涂上相应的溶液，在眼周围时，应注意保护好眼睛，防止药液误入眼中，损伤眼部。这种治疗方法以每次十个左右为宜，若患者色素痣较多，可采用分批治疗的方法，本方法的不良反应是色素沉着和延迟性红斑，一般可在半年内消失。
3，激光治疗
对于色素痣表浅的患者，可不用麻醉，直接用二氧化碳激光凝固碳化即可达到目的，对于损害较深的患者，则需要先局部麻醉，然后通过激光气化切割，碳化，凝固。术后为了防止感染，可以外涂抗生素软膏。一般不需包扎。
4，液氮冷冻疗法
分为棉签法和喷射法，冷冻的时间为六十秒，为了达到一定的冷冻深度，必须有足够的冷冻剂量，但要注意防止冻坏，一般冷冻两天后皮损可消失。