Limmer博士1984年最先利用显微镜对毛囊进行分离。当时，在没有毛囊单位概念的前提下，一律施行微量及少量分离移植法（Microsraft or Minigraft）。到了1996年，Seasel 博士等人在采用了显微镜下毛囊分离术的基础上，提出毛囊单位的概念，并实行了毛囊单位的分离与移植。
至今，毛囊单位移植术已被认定为国际毛发领域中的最尖端技术。在美国的NHI（New Hair Institute）和加拿大的Seagel毛发中心等世界一流毛发移植中心里，毛囊单位移植术占据着不可替代的地位。
肉眼下分离毛囊，毛囊的损失率高达20-30%。显微镜下分离毛囊，在放大10-20倍的状态下进行分离，准确率高达100%，是肉眼下分离无法比拟的。
1、比肉眼下分离可多得20%以上的毛囊。 用肉眼分离毛囊的损失率达20――30%，在放大10倍的显微镜下就不会出现这种情况。提供毛囊的供体面积有限，怎样从有限的部位里提取最多的毛囊，是极为关键的。特别是对脱发较为严重的患者来说，每一个毛囊完整无缺的分离与移植是至关重要的。
2、10倍的状态下，可以对毛囊进行精细准确地分离，所以手术后毛囊的成活率非常高；相反，在肉眼或放大1.5倍的状态下进行分离，分离过程中毛囊受损是不可必免的，因此术后的成活率也将大大降低。
3、分离过程中毛囊损伤越少，手术后头发的生长效果就越好。
4、白发毛囊只有在显微镜下才能准确分辨并分离。
但从院方的角度来说，采用显微镜下移植术需配备大量特殊双目显微镜及专业分离人员，比起肉眼分离移植术，投资巨大，因此手术价格也相对昂贵。 显微镜下毛囊单位移植术作为世界毛发移植领域的最新走势，在美国的NHI以及加拿大的SEAGEL等世界一流毛发移植中心里，已成功施行数年并取得丰硕的成果。毛囊单位移植术，比较肉眼下的分离与移植，可获得更多的毛囊，并大大提高手术后的成活率。特别是对每平方厘米仅有100零几根头发的东亚人来说，利用显微镜，从有限的供体部提取最大限度的毛囊数是手术成功的关键