几乎没有什么副作用，非常安全，这是光子嫩肤治疗的一个非常大的优点。但是和任何治疗都一样，治疗本身是具有两面性的，光子一方面是治疗色素性皮肤疾病非常好的治疗方法，但也有引起皮肤色素性改变的潜在风险。另外人体个体是有非常大的差异的，少部分人可能会出现色素沉着斑，极少数人可能会出现痤疮样发疹和水疱。所以治疗应在正规的医院里进行，不允许滥用。那种把光子嫩肤说成绝对安全，无限夸大疗效，甚至在美容院里就进行治疗的做法是不负责任的，应予以纠正。
疗效的取得与三方面因素有关：治疗医师、治疗设备和您对激光的治疗反应。
在治疗过程中，治疗的主体是医师，医师对病情的把握程度、治疗经验是非常重要的。一些人误认为只要有了设备便能取得好的疗效，这是不正确的。打个比方说，同样的一部照像机，不同摄影者所拍摄的相片，其效果是不同的。同样，相同的一部治疗设备不同医师使用，效果会不同的，毕竟治疗设备只是医师用于治疗的一个工具。目前一些小的医疗单位盲目地引进了一些设备也在做治疗，因此建议您治疗时不要盲目地选择医院。我们在购买大件商品时，为了保证商品的质量，我们往往去大的商场购买，因为这样更有保证。同样治疗最好选择正规的、好的医院，因为这些医院技术力量较强、对新的医疗设备的掌握更好，更重要的是医疗基础牢固，医疗信誉高，疾病的诊断明确，因而能做到"对症治疗"，因而对新技术的应用更可靠。
当然一流的治疗设备也很重要，否则"巧妇难为无米之炊"。 因为疗效还取决于设备自身的品质，设备不同疗效当然也有差别。专科医院和大型医疗机构在选购医疗设备时具有较好的医疗设备知识，在医疗设备的选购方面具有权威性，通常所选购的设备是当时最先进的，以确保自身的医疗形象和医疗信誉，以及自己在医疗中的绝对的领先地位。一些医疗单位由于种种原因，所购买的设备一般价位较低，档次较差（如同样是从美国进口的设备，尽管有的在外观上非常相似，但内在的品德和质量差别很大），当然会影响到治疗效果。
最后要强调的是患者个人对激光治疗的反应性问题。就象治疗感冒一样，同样的药物治疗不同的感冒患者，其结果相差很大一样，同一个医师，使用同一部治疗设备，治疗不同的患者，其疗效是不同的。这是因为，人与人之间的差异很大，表现在对光治疗的反应性不同。因此您也许能见到一些患者疗效非常之好，令您羡慕，而部分人疗效来得很慢，使您感到不知所措，这非常正常。其实那些开始疗效不明显的患者多做几次治疗后，同样会出现令您开心的疗效。总的来说，皮肤的颜色以及皮肤对激光的反应性是影响治疗效果的重要原因。