但是，目前来看自体移植并非绝对安全，术后早期可能发生疼痛、、瘀青、血肿、感染等并发症，术后1～3个月内可能发生色素沉着、移植量过多或不足、移植区等情况。更严重的可能发生脂肪栓塞引起的突然失明、或偏瘫，甚至死亡。下面就简要介绍下面部自体脂肪移植的各种并发症。
1、感染、血肿
面部脂肪移植的手术如丰唇、丰颊等均可引起感染。原因可能和手术手法有关，或者手术区域原来就有感染、或者是移植量过大等。感染和血肿将直接影响移植脂肪的成活率，以至达不到期望的手术效果。
2、脂肪填充不足
据相关统计：面部脂肪移植有3%~14%的不满意率，其中部分原因是在通常的移植次数后充填量仍不能达到患者的要求。移植脂肪吸收过多，移植效果不可预测的问题，一直是自体脂肪移植的难点。
3、脂肪填充过量
脂肪填充过量表现为手术区域的臃肿，可能是对称的，也可能是单侧的;有的从手术后开始，有的出现在术后3～6个月，最常见于丰颊手术。
4、脂肪栓塞
据相关文献报道，自1980年脂肪移植以来，曾有8例面部脂肪移植术后的脂肪栓塞并发症。其中1例死亡、4例脑梗伴失明、2例失明、1例脑梗。发生情况虽少却后果严重，是自体脂肪移植最严重的并发症。
5、脂肪移动
手术后脂肪成活前，移植入的脂肪组织有移位的可能。多发生在皮下瘢痕组织过多部位或韧带分布区(如鼻唇沟部位)。
6、脂肪液化或形成结节
面部脂肪移植术后发生皮下结节的情况偶有报道。
7、手术操作不慎损伤其他组织
由于手术操作问题，可能损伤手术区域的血管、神经等组织的可能。
尽管存在上述并发症的风险，但是自体脂肪移植的疗效还是广受肯定。相比其他人工材料，它具有更安全、稳定的优点。因此仍然是目前理想的软组织填充物。