专家对牙颌面畸形可分为发育性畸形和后天获得性畸形两大类。后天获得性畸形以创伤和髁状突病变为主要原因，其治疗也以正颌外科技术为主要手段。当然继发于髁状突病变的畸形应同时或首先治疗原发病。
专家对颌骨发育性畸形是指个体在生长发育过程中逐渐出现的畸形，其病因通常可分为先天性的因素或后天性的因素两类。
先天性的因素主要为基因遗传因素和胎儿发育过程中母体内环境异常因素。基因因素有家族遗传倾向，同血亲个体多数具有共同的畸形特征。而胎儿发育过程中母体内环境异常如母体妊娠期营养不良、内分泌紊乱、损伤或感染性疾病因素导致的畸形一般不具有遗传特性。但二者均可影响牙颌系统的正常发育而导致畸形。
后天性的因素是指从婴儿到成年整个生长发育阶段，代谢障碍、内分泌功能失调、感染、损伤、营养不良、局部血供障碍以及不良习惯等所有导致牙颌面畸形发生的因素。如不良习惯导致反合开合、偏合等。
牙颌面畸形的病因可能是上述某种单一因素，但多数情况是两种或多种因素引起。