(1)咀嚼器官的退化
随着人类食物的精细，我们的咀嚼器官(颌骨、牙齿和肌肉)出现了退化。现代人颌骨的体积变小了，而牙齿的大小及数量变化不大，使得牙齿很难在狭小的颌骨上整齐排列。因此，现代人尤其是孩子的牙颌畸形发生率大大增加。
(2) 遗传因素
牙颌畸形的发生是由多个基因共同控制的，属于多基因遗传，可以由父母遗传给子女，也可能在几代之间隔代遗传。遗传的同时也存在变异，表现在子女的牙颌畸形和父母之间不完全一样，有时还会有所变化。
(3)先天性因素
先天性因素指胎儿所在的母体环境因素。母亲在怀孕期间患病，胎儿在子宫中位置异常，临产时对胎儿的外伤可能引起畸形。
(4)后天性因素
后天性因素指婴儿出生后的发育生长环境因素，主要是口腔不良习惯，如不正确的吃奶方式、吮指吐舌、咬上下唇、咬物、偏侧咀嚼习惯等。